生物有機(jī)肥含有功能菌和有機(jī)質(zhì)，能改良土壤，促使被土壤固定的養(yǎng)分釋放。生物菌肥只含有功能菌，通過(guò)功能菌來(lái)提高土壤固定肥料的利用。生物有機(jī)肥的有機(jī)質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活，而生物菌肥的功能菌可能不適合某些土壤環(huán)境。

生物菌肥，就是在有機(jī)肥料中加入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有機(jī)養(yǎng)分抑制土傳病害和改良土壤的作用。肥料中的菌只有施入地里發(fā)揮作用，而生物有機(jī)肥以城鄉(xiāng)工農(nóng)業(yè)有機(jī)廢棄物如草炭、農(nóng)作物秸稈、畜類糞便為載體配合無(wú)機(jī)營(yíng)養(yǎng)元素制成，適應(yīng)各地土壤肥力和作物生長(zhǎng)需求的系列生物活性有機(jī)肥。生物有機(jī)肥含有生物活性物質(zhì)的生理調(diào)節(jié)功能，及無(wú)機(jī)化肥的速效性和有機(jī)肥的長(zhǎng)效性，可實(shí)現(xiàn)有機(jī)、無(wú)機(jī)平衡。

有機(jī)肥主要來(lái)源于植物和(或)動(dòng)物殘?bào)w和糞便中，消除了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)，包括：多種有機(jī)酸、肽類以及氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富元素，不僅能為農(nóng)作物提供全面營(yíng)養(yǎng)，而且肥效長(zhǎng)，可增加和更新土壤有機(jī)質(zhì)，促進(jìn)微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。生物菌肥是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動(dòng)來(lái)完成。只有當(dāng)這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質(zhì)轉(zhuǎn)化和有益代謝產(chǎn)物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動(dòng)是否旺盛是其有效性的基礎(chǔ)，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎(chǔ)。正因?yàn)槲⑸锓柿鲜腔钪苿云浞市c活菌數(shù)量、強(qiáng)度及周圍環(huán)境條件密切相關(guān)，包括溫度、水分、酸堿度、營(yíng)養(yǎng)條件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影響，因此在應(yīng)用時(shí)要加以注意。（巴克）