確保腐熟后施用未腐熟的有機肥中含有病原菌、雜草種子等有害物質，施用后有可能引起蟲害滋生、雜草蔓延、作物燒苗等問題，應引起足夠重視。

掌握施用方法有機肥可分為固體有機肥和液體有機肥兩類，一般固體有機肥用作基肥，液體有機肥用作追肥。在使用方法上，粉狀有機肥可在耕作前撒施，顆粒有機肥可撒施，也可通過施肥機根施；液體有機肥可在作物生長不同階段進行噴施、灌施或滴施，配合固體有機肥為作物提供養(yǎng)分。

確定施用量一般大田作物每畝施固體有機肥300~500公斤，蔬菜和果樹作物每畝施固體有機肥500~1000公斤，有機果蔬作物每畝施固體有機肥1000~2000公斤。液體有機肥的施用根據不同作物類型和不同生產階段進行確定，一般隨著幼苗期、莖葉生長期和果實生長期而增加施用量。