生物肥料作為農(nóng)業(yè)生物工程學(xué)科的重要分支和土壤肥料學(xué)的重要組成部分，近幾十年無論在基礎(chǔ)研究和應(yīng)用研究方面都得到迅猛發(fā)展。長期以來不合理使用化學(xué)肥料帶來的土壤板結(jié)、地力下降、生態(tài)破壞、環(huán)境污染以及農(nóng)副產(chǎn)品品質(zhì)下降，給微生物肥料的開發(fā)、推廣、應(yīng)用提供了相當(dāng)大的發(fā)展空間。存在這些問題和弊端必須尋求解決方法和途徑。

微生物肥料在解決這類問題上有獨到之處。它作為一種全新農(nóng)業(yè)技術(shù)措施在發(fā)展高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、高效農(nóng)業(yè)中的作用越來越被人們所認(rèn)識。特別是在發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)，生產(chǎn)AA級、A級綠色食品和有機農(nóng)產(chǎn)品中的不可替代性，充分體現(xiàn)了它獨特的優(yōu)勢。

我國是發(fā)展中國家，農(nóng)業(yè)面臨著現(xiàn)代化和可持續(xù)發(fā)展雙重任務(wù)。我國農(nóng)村是以農(nóng)業(yè)生產(chǎn)為基礎(chǔ)，實行農(nóng)業(yè)綜合開發(fā)、發(fā)展綜合經(jīng)營、繁榮農(nóng)村經(jīng)濟的一個復(fù)雜的農(nóng)村生態(tài)經(jīng)濟系統(tǒng)。農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，概括說，是利用動物、植物和微生物的機能，通過人工培育，來取得各種農(nóng)產(chǎn)品的結(jié)果。

1、世界農(nóng)業(yè)發(fā)展經(jīng)歷三個階段

從世界農(nóng)業(yè)的發(fā)展來看，經(jīng)歷了三個階段：

第一階段：原始農(nóng)業(yè)（刀耕火種）

一萬兩千年前，祖先開始從狩獵采集型農(nóng)業(yè)走向原始的種植業(yè)，那時候種植方法是：“刀耕火種”。對樹木砍倒燒光實行砍種一年即行撂荒的生荒耕作制。人們?yōu)榱诉x擇茂密的森林進行砍種,所以居無定所、經(jīng)常遷徙。原始農(nóng)業(yè)的生產(chǎn)力很低，人們過著低水平的生活。但是這一時期，對自然界的損傷不大，自然界可以自我修復(fù)。

第二階段：傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)

傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)的主要特征是“鐵犁牛耕”，它的生產(chǎn)力水平比原始農(nóng)業(yè)有了很大提高，能夠為更多人的生活提供必需的農(nóng)產(chǎn)品。在人與自然的關(guān)系上，人們已經(jīng)使用了整地播種、育苗移載、中耕鋤草等農(nóng)業(yè)技術(shù)，比較合理地利用自然；同時也懂得了要給土壤灌水、施肥，實行水分和養(yǎng)分的返還，保護自然。傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)的特點使土地越種越肥,復(fù)種指數(shù)和單位面積產(chǎn)量不斷提高,特別是使物質(zhì)得到循環(huán)利用,從而達到持續(xù)發(fā)展的目的。但產(chǎn)量仍然很低。傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)鑄成我國5000年文明史。

第三階段：是現(xiàn)代農(nóng)業(yè)

現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的主要特征是：生產(chǎn)工具高度機械化：引進了工業(yè)產(chǎn)的大量機械。減輕了勞動強度，提高了勞動效率；農(nóng)藝技術(shù)和管理高度科學(xué)化：引進了農(nóng)業(yè)以外的工業(yè)產(chǎn)品化肥、農(nóng)藥等，提高了單位面積的產(chǎn)量。噸糧田出現(xiàn)了。這就大大提高了農(nóng)業(yè)的勞動生產(chǎn)率和土地利用率，為國民經(jīng)濟發(fā)展提供了雄厚的物質(zhì)基礎(chǔ)。

現(xiàn)代農(nóng)業(yè)劣勢：資源的急劇消耗，如土壤有機質(zhì)減少。10%-15%降至1%-2%以下；環(huán)境污染嚴(yán)重：土壤板結(jié)、地力下降、生態(tài)破壞、環(huán)境污染。由以上分析可以看出，現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的兩大弊端：一方面是資源的急劇損耗；另一方面是環(huán)境污染嚴(yán)重。

2、生態(tài)農(nóng)業(yè)應(yīng)運而生

人類經(jīng)濟社會必須實現(xiàn)持續(xù)發(fā)展，作為國民經(jīng)濟基礎(chǔ)的農(nóng)業(yè)首先必須實現(xiàn)持續(xù)發(fā)展。人們從農(nóng)業(yè)遭受破壞的實踐中第一次真正認(rèn)識到農(nóng)業(yè)的本質(zhì)，農(nóng)業(yè)的發(fā)展是依靠農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)進行的，人們既要促進農(nóng)業(yè)增產(chǎn)，又要保持生態(tài)系統(tǒng)的平衡，這也就為尋找一個新的、更有效的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)形式指出了方向。在這個基礎(chǔ)上，生態(tài)農(nóng)業(yè)作為現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的一種新形式就應(yīng)運而生。

根據(jù)生態(tài)學(xué)和生態(tài)經(jīng)濟學(xué)原理，以組織生態(tài)農(nóng)業(yè)為基礎(chǔ)，充分利用當(dāng)?shù)刭Y源，利用生物（動物、植物、微生物）相互依存關(guān)系，利用現(xiàn)代高科技技術(shù)，實行無污染、無公害、無廢物的大農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，盡可能地提供適合人們需要的產(chǎn)品，推動繁榮我國廣大農(nóng)村經(jīng)濟和我國的農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化。

微生物肥料作為全新的農(nóng)業(yè)技術(shù)措施既具有無污染、無公害、肥效持久、壯苗、抗病、改良土壤、提高農(nóng)作物產(chǎn)品品質(zhì)等優(yōu)點，又能克服大量使用化學(xué)肥料、農(nóng)藥帶來的環(huán)境污染、生態(tài)破壞等弊端，在生態(tài)農(nóng)業(yè)蓬勃發(fā)展的今天，必然會有長足發(fā)展。

3、微生物肥料不是新概念

在國外有近百年的發(fā)展歷史，以研究推廣各種根瘤菌肥為主。直到現(xiàn)在，根瘤菌肥料依然是最主要的品種。包括美國、俄羅斯、英國、法國、日本、意大利等發(fā)達國家在內(nèi)，至少70多個國家在生產(chǎn)根瘤菌肥料，且種類繁多，增產(chǎn)效果也比較顯著。接種劑生產(chǎn)嚴(yán)格，生產(chǎn)條件和工藝也十分講究，許多國家根據(jù)本國特點篩選了合用的載體、培養(yǎng)基配方及其生產(chǎn)工藝流程，為生產(chǎn)質(zhì)量優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品奠定了基礎(chǔ)。

當(dāng)然，國外人均占有土地面積大，農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)采用輪作制，土壤有休養(yǎng)生息的機會，加之對有機食品呼聲較高，所以，一般只發(fā)展微生物菌劑。我國的國情是，人口多土地少，土地復(fù)耕系數(shù)大，除發(fā)展菌劑外，在復(fù)合微生物肥料的發(fā)展上，占的比重相對較大，產(chǎn)品品種多、質(zhì)量可靠，技術(shù)上也領(lǐng)先世界一步。

我國微生物肥料的研究、開發(fā)，始于20世紀(jì)50年代。在制定1956-1967年12年農(nóng)業(yè)發(fā)展綱要中，就有“發(fā)展細(xì)菌肥料”（同時提出八字憲法水、肥、土、種、密、保、工、管）一節(jié)。隨后數(shù)十年期間，經(jīng)歷了三次大的起伏。直到上世紀(jì)末，大量濫用化學(xué)肥料暴露出諸多問題，才重新引起各有關(guān)部門的高度重視。

1995年在沈陽召開《第一屆全國微生物肥料生產(chǎn)應(yīng)用技術(shù)研討會》。會后頒發(fā)中國微生物肥料第一個行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)（NY227-1994）。1999年4月21日國家計劃發(fā)展委員會，在“計司高技函[1999]025號”文件中專門將微生物肥料列入農(nóng)業(yè)高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重大專項。2000年6月12日，我國農(nóng)業(yè)部頒布第32號部長令，對微生物肥料的定義重新進行界定：“微生物肥料指應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中，能夠獲得特定肥料效應(yīng)的含有特定微生物活體的制品，這種效應(yīng)不僅包括了土壤、環(huán)境及植物營養(yǎng)元素的供應(yīng)，還包括了其所產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物對植物的有益作用。”32號部長令強制性規(guī)定：微生物肥料由農(nóng)業(yè)部審批登記。

在2010年11月召開的國務(wù)院常務(wù)委員會上，將生物產(chǎn)業(yè)列入中國七大產(chǎn)業(yè)支柱之一。并被排在第三位的重要位置。2015年的中央一號文件首次將《生物肥料》作為主要發(fā)展項目列入文件中。同年2月17日，我國農(nóng)業(yè)農(nóng)村部推出農(nóng)業(yè)減“肥”計劃。2020年要實現(xiàn)化肥、農(nóng)藥的零增長。2018年5月21日在全國環(huán)境保護會上指出:要調(diào)整農(nóng)業(yè)投入結(jié)構(gòu)，減少化肥農(nóng)藥使用量，增加生物有機肥使用量。