1.微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。

2.微生物肥料應避免高溫干旱條件下使用。要結合蓋土澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射，或因水分不足而難以發(fā)揮作用。

4.微生物肥料不能長期泡在水中，在水田施用應干濕灌溉，促進生物菌活動。以好氣性微生物為主的產品，則盡量不要用在水田。

5.微生物肥料可以單獨適用，也可以與其他肥料混合使用，但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。

6.微生物肥料應避免與農藥同時使用，不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。微生物肥效不宜久放，拆包后要及時使用，一次用完。

7.避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物菌群，而不是提供礦物質營養(yǎng)養(yǎng)分，微生物肥料不可能完全替代化肥。(北農)