甜瓜是一種重要的園藝經(jīng)濟(jì)作物，其多樣性豐富。但長期的人工選育致使一些相關(guān)性狀基因丟失，栽培品種的遺傳多樣性顯著少于野生種，在一定程度上限制了對(duì)甜瓜抗性基因及優(yōu)質(zhì)性狀的發(fā)掘。

甜瓜“821”是來自印度的半野生種，對(duì)甜瓜新德里花葉病毒（ToLCNDV）等多種病害具有抗性。近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院鄭州果樹研究所甜瓜遺傳育種與栽培團(tuán)隊(duì)聯(lián)合國內(nèi)有關(guān)科研院校對(duì)半野生型甜瓜“821”進(jìn)行了高質(zhì)量T2T基因組組裝，為揭示甜瓜抗性相關(guān)基因和品質(zhì)改良提供了重要遺傳資源。相關(guān)研究成果發(fā)表在《園藝研究（Horticultural Research）》上。

該研究首先完成了其單倍型T2T基因組的組裝，通過基因組比較發(fā)現(xiàn)，在11號(hào)染色體存在基因拷貝數(shù)的變異，其中2個(gè)自噬基因與新德里病毒抗性顯著相關(guān)。

半野生型甜瓜821表型、Hi-C圖譜和基因組景觀圖

此外，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)1個(gè)與果實(shí)成熟相關(guān)的顯著信號(hào)，并鑒定出候選基因CmABA2，其編碼一個(gè)細(xì)胞質(zhì)短鏈脫氫酶，參與脫落酸的生物合成。該研究提供了高質(zhì)量的半野生甜瓜基因組，為甜瓜抗性基因的挖掘和品質(zhì)改良提供了遺傳資源。

該研究得到中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程、國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、海南省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等項(xiàng)目支持。