番茄是世界上產值最高的蔬菜作物，因風味獨特深受喜愛。然而今天的消費者常常抱怨“番茄越來越沒有番茄味了”。

“糖含量是風味的首要因素，但是糖含量與果實大小負相關，產量和品質是一對矛盾，現(xiàn)有番茄商業(yè)品種，尤其是大果番茄中糖含量普遍偏低?！?中國科學院院士、中國農業(yè)科學院研究員黃三文說，如何在不影響番茄產量的前提下培育美味的番茄品種，是各國育種家努力追求的目標。

11月14日，中國農業(yè)科學院深圳農業(yè)基因組研究所、蔬菜花卉研究所及山東省農業(yè)科學院蔬菜研究所聯(lián)合在《自然》發(fā)表論文，通過全基因組關聯(lián)分析，鑒定到一個抑制果實糖積累的剎車基因CDPK27及其同源基因CDPK26?；蚓庉嬤@兩個基因，可使番茄果實糖含量增加30%，且不影響單果重和單株產量。

《自然》同期配發(fā)了美國加利福尼亞大學伯克利分校教授Patrick Shih和博士后Amy Lanctot的評論，認為該研究為理解果實能量分配邁出了令人興奮的一步，將為作物改良提供借鑒。

育種家培育的美味番茄新品種。受訪者供圖

《科學》論文的延續(xù)性研究

2017年，黃三文團隊聯(lián)合美國科學院院士、佛羅里達大學教授Harry Klee在《科學》發(fā)表論文。他們發(fā)現(xiàn)了番茄中影響31種風味物質的49個關鍵位點。其中兩個位點和番茄的糖含量相關、5個和酸含量相關。

當時找到了遺傳位點，但沒有克隆到相關基因。黃三文深知，這僅是解決番茄風味問題的第一步。

“我們關注的是蔬菜品質問題，而番茄的品質問題主要就是風味?！闭撐耐ㄓ嵶髡唿S三文說，風味這種性狀看不見、摸不著，難以衡量，在育種過程中缺乏有效遴選手段。

糖含量是影響番茄口感的重要因素，大多數(shù)消費者更喜歡偏甜的番茄。“人類對于甜味的喜好是刻在基因里的。”黃三文說，找到控制糖含量的基因，是解決番茄風味問題首先要攻克的難關。

番茄果實中的糖主要以果糖和葡萄糖的形式積累。在果實成熟過程中，葉片光合作用的產物不斷以蔗糖形式運輸至果實，再通過蔗糖合酶、轉化酶等分解為果糖和葡萄糖，從而不斷積累果實糖分。

“在果實成熟過程中，糖含量并不會持續(xù)增加，尤其在果實轉色后，反而會有些許降低?！闭撐牡谝蛔髡摺⒅袊r業(yè)科學院蔬菜花卉研究所副研究員張金喆說，抑制果實糖分積累的分子機制尚不清楚。

《科學》論文的線索需要繼續(xù)跟進。為了拿到準確的田間數(shù)據(jù)，研究團隊先后在北京、山東、廣東等地廣泛種植番茄材料，連續(xù)5年調查了近3000株共計2萬余個番茄果實的表型。

魚和熊掌可以兼得

利用基因編輯技術，研究團隊共獲得了3個突變體。

“當時我們發(fā)現(xiàn)，候選基因CDPK27的3個突變體中糖含量比對照組更高。”黃三文猜測這可能就是他們要尋找的目標基因。

他們后來發(fā)現(xiàn)，CDPK27基因在番茄果實成熟過程中表達量不斷提高，可以通過磷酸化蔗糖合酶SUS3促進其降解，從而抑制葡萄糖和果糖在果實中積累。

2022年，團隊完成論文初稿，并投給《科學》。評審專家認為，現(xiàn)有研究數(shù)據(jù)不能解釋1號突變體上產生更高糖含量的原因，因此拒收他們的論文。

“那段時間是崩潰的?！睆埥饐匆环矫嬗X得挺好的研究成果“被拒”有點可惜，另一方面又覺得評審意見有道理，工作做得還不夠細致。

通過研究，他們發(fā)現(xiàn)，1號突變體中的CDPK27缺失了6個堿基，喪失了與ATP結合的兩個關鍵氨基酸，使自身的激酶活性受到很大影響。

接下來，他們找到一個和CDPK27進化關系最近的基因CDPK26。CDPK26也能像CDPK27那樣通過磷酸化蔗糖合酶SUS3促進其降解，從而抑制葡萄糖和果糖在果實中積累。

張金喆解釋說，在2號突變體中，CDPK27發(fā)生了突變，完全喪失了功能，但CDPK26還能繼續(xù)工作，對糖積累的剎車作用還存在；而在1號突變體中，CDPK27的另一種基因型不僅自身不能磷酸化蔗糖合酶SUS3，還可通過干擾CDPK26對SUS3的磷酸化，保護SUS3蛋白不被降解，從而實現(xiàn)比傳統(tǒng)突變更好地提高果實糖含量的效果——可提高葡萄糖含量35%、果糖含量30%。

也就是說，1號突變體中的優(yōu)異等位基因“不僅管自己，還管別人”，讓兩個剎車基因同時失效，于是番茄變得更甜了。

這個發(fā)現(xiàn)讓他們非常激動。“這是一種新的機制?！秉S三文說，基因功能冗余現(xiàn)象在植物中很常見，通過基因編輯技術創(chuàng)制更多的優(yōu)異等位基因，將有可能干擾其同源基因的功能，從而實現(xiàn)更好的作物遺傳改良效果。

研究團隊開始組織新實驗，從各種角度驗證雙剎車基因的功能。結果發(fā)現(xiàn)，雙突變體中，CDPK27/26基因編輯后的植株可顯著提高SUS3蛋白的穩(wěn)定性，并使葡萄糖和果糖含量進一步提升。

更重要的是，果實大小和單株產量沒有顯著變化。

“過去育種家認為產量和品質是育種上的一對矛盾。產量高了，品質就會下降，或者產量高了，抗性就會下降?！秉S三文告訴記者，他們這項研究為改變這種狀況提供了一條新思路，說明只要找到了相關調控基因，魚和熊掌可以兼得。

獲得《自然》審稿人肯定

投出論文之前，他們又審視了一遍實驗數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)高糖型番茄中CDPK27的表達量普遍偏低。

在番茄馴化和改良過程中，由于人們過多選擇了大果基因型，從而導致高糖位點的頻率從野生番茄的58.3%下降到現(xiàn)代大果番茄的2.6%。

“野生番茄都是小果，糖含量很高。而現(xiàn)代番茄經過馴化，糖含量大大下降。”論文共同第一作者、山東省農業(yè)科學院蔬菜研究所助理研究員呂宏君說，這項工作揭示了現(xiàn)代番茄品種風味降低的直接原因。

論文作者、現(xiàn)任職于中國農業(yè)科學院深圳農業(yè)基因組研究所的Klee則提出了另一個問題：果實重量不變的情況下，糖含量增加的來源是什么，也就是說糖從哪里來？

黃三文認為，番茄果實在成熟過程中首先要保障種子有足夠的能量供應，CDPK27/26在果實成熟過程中抑制糖分積累，很可能是為了確保種子后期的正常發(fā)育。

他們發(fā)現(xiàn)，突變體中的番茄種子數(shù)量減少、重量減少?！半m然我們還沒有證明種子的變化和果肉中糖含量變化是因果關系，但是二者互相關聯(lián)?！闭撐墓餐谝蛔髡摺⒅袊r業(yè)科學院農業(yè)基因組研究所博士后陳潔說，番茄種子在果實轉色期后就已成熟，后期不需要過多能量供應。進一步實驗發(fā)現(xiàn)，突變體的種子萌發(fā)率沒有顯著變化。

他們又測算了CDPK27/26基因編輯植株的光合效率，發(fā)現(xiàn)基本沒有變化?！斑@說明光合產物在果實和種子間可能發(fā)生了重新分配，為通過操控種子數(shù)量和大小提高果實糖含量提供了新的解決方案?！秉S三文說。

進一步研究發(fā)現(xiàn)，CDPK這個家族的基因在所有植物中都是保守的，在蘋果和梨中也鑒定到它的同源蛋白。

這一次，他們投給了《自然》，審稿人對他們的工作表示了高度肯定。

中國科學院院士、中國科學院植物研究所研究員種康認為，這項工作通過對數(shù)量性狀的分析，找到了一個控制品質的核心基因及優(yōu)異的等位變異，有眼前一亮的感覺。

中國科學院院士、清華大學教授謝道昕說，下一步可以和育種家合作，讓基礎研究的重大突破為社會重大需求創(chuàng)造更大的經濟效益。